Après 50 ans de guerres acharnées à travers tout le territoire de la Perse, Agha Muhammad Shah est enfin couronné Empereur au printemps 1796.
Il lui faut maintenant imposer son autorité à tout le pays, et en particulier au Khorassan, où règnent le chaos et l'anarchie, et qui est surtout encore plus ou moins dirigé par les descendants des Afshars. Il rassemble donc une armée très puissante, et se rend sous les murs de Mashad. Ayant appris ce qui allait lui tomber sur la tête, le gouverneur Nader Mirza Afshar, le fils du vieux Shahrock Afshar (l'ancien souverain qu'on avait aveuglé), s'enfuit en Afghanistan laissant là son vieux père aveugle. Le 14 mai 1796, le Shah arrive à Mashad; la ville lui ouvre immédtaiement ses portes. Les larmes aux yeux, il entre humblement dans la ville. Il ordonne alors que Shahrock soit traité avec respect et dignité; par contre, il fait immédiatement détruire le tombeau de Nader Shah Afshar. Shahrock est envoyé dans le Mazanderan, mais meurt en cours de route.
Le shah continue alors tranquillement à soumettre le Khorassan, jusqu'au moment où il apprend que Catherine II, Impératrice de Russie, est furieuse de ce qui s'est passé en Géorgie, qu'elle vient d'envoyer 40000 fantassins, 22000 cavaliers et 100 canons pour envahir la Perse, que Bakou s'est rendue sans combattre, et que l'armée venait de subir deux défaites. Il laisse alors le soin à un détachement de 10000 hommes de finir le travail au Khorassan et fait rassembler toute son armée à Téhéran.
Le 28 mai 1797, le Shah prend la route de l'Azerbaijan, pour y apprendre un peu plus tard le décès de Catherine II (quand même morte 6 mois plus tôt, le 17 novembre 1796) et le repli de l'armée russe. Néanmoins, il veut continuer la campagne pour soumettre les quelques régions encore hostiles et régler définitivement la question du gouvernorat de la province.
A Coucha (Shusha), une dispute éclate entre une servante et un valais. Ils crient si fort qu'ils irritent le souverain; celui-ci ordonne alors leur exécution. Mais, comme on est déjà vendredi soir, le Souverain ordonne que l'exécution ait lieu le lendemain, et permet aux condamnés de retourner vaquer à leurs tâches, en toute liberté. Ceux-ci, la nuit venue, se glissent dans le pavillon royal et assassinent l'Empereur Agha Muhammad Shah à coups de poignard. Nous sommes le 17 juin 1797.
Les assassins en profitent pour voler les bijoux du Shah, et les livrer à Sadeq Khan-e Shaqaqi, un puissant émir, en échange de sa protection. Ce dernier ne se fait pas prier, rassemble toute son armée en pleine nuit, et marche sur Tabriz à toute allure. Au lever du jour, la nouvelle se répand et - en catastrophe - le Chancelier Mirza Reza Qoli Nava'i et le chef de l'armée Mohammad Hossein Khan-e Kadjar partent à marche forcée sur Téhéran, rassemblant tout le matériel possible. Le gros des troupes, stationné à Azindabar, se disperse dans tous les sens, chaque émir espérant pouvoir récupérer un peu de son indépendance perdue, et les 4 Princes Impériaux qui s'y trouvaient (Abbas Mirza, Hosein Ali Mirza, Mohammad Qoli Mirza et Hosein Ali Mirza) foncent à Téhéran. Sur leur route, ils ont la chance de rencontrer l'éternel Haji Ebrahim Khan à Qazvin, qui leur conseille d'attendre un peu, le temps que l'armée se rassemble. Quelques jours plus tard, toute l'armée s'installe dans la plaine de Dulab, à l'est de Téhéran.
Mais le frère du Shah, Ali Qoli Khan, avait très envie de prendre la succession. En toute hâte, il vient aussi s'installer dans la région, à une trentaine de kms à l'Ouest de Téhéran.
Mirza Mohammad Khan Kadjar, chargé de la défense de la ville, décide alors de fermer les portes et d'attendre l'arrivée du Prince Héritier, Faht Ali Khan (le neuveu de Muhammad Agha Shah). Ce dernier, qui se trouvait à Chiraz, est informé de la mort de son oncle le 27 juin (ce qui veut dire que le courrier - battant tous les records de rapidité - a mis seulement 10 jours pour parcourir environ 1000 kilomètres à vol d'oiseau). Le Prince récita alors un verset du Coran "Nous appartenons à Dieu et à Lui nous retournons", passa 3 jours et 3 nuits en deuil, et invita tous les gouverneurs à se rendre à Téhéran. Il file alors lui aussi à Téhéran, où il arrive le 15 août 1797, bientôt rejoint par Haji Ebrahim, et y apprend la trahison de son oncle Ali Qoli Khan (qui donc veut monter sur le trône, faisant fi de la volonté d'Agha Muhammad Shah). Il invite ce dernier à Téhéran, pour y régler la succession. Une fois arrivé, Ali Qoli Khan est aveuglé et envoyé à Barforoush, dans le Khorassan.
Un autre prétendant surgit alors, l'émir Sadeq Khan-e Shaqaqi, celui qui avait reçu les bijoux royaux de la part des meurtriers. Entré en rébellion, il avait conquis la majeure partie de l'Azerbaijan. Il mit alors le siège autour de Qazvin, où le gros de sa famille était retenue en otage. Faht Ali Khan décide alors d'aller lui-même protéger la ville: la bataille est violente, mais - grâce à la bravoure d'Hosein Khan-e Qajar, les troupes du Prince Héritier remportent la victoire: 20000 soldats de Sadeq Khan sont faits prisonniers. Les assassins sont alors mis en présence du Shah et condamnés à mort: l'un sera taillé en pièces par l''épée d'Hosein Khan-e Qajar; l'autre sera confié aux soins d'un bourreau, qui lui coupera les extrémités morceau par morceau. Quant à Sadeq Khan, réfugié en Azerbaijan, on lui promet le pardon s'il veut bien restituer les bijoux. Il ne se fit pas prier et fut même nommé gouverneur de Sarab et Garmrud (dans la région de Meyana, en Azerbaijan).
Le corps de l'Empereur défunt est alors récupéré à Coucha (où on l'avait provisoirement enterré), et ramené à Najaf pour des funérailles solennelles.
Finalement, le 21 mars 1798, Faht Ali Shahcoiffe la tiare et est intrônisé Shah